基質栽培是推廣面積較廣的一種番茄無土栽培方式，番茄的根系固定在基質當中，通過滴灌帶或其他形式供給植株營養液。這種栽培方式有效解決土傳病害，而且省工省力。
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1.栽培設施：根據投資預算選用恰當的栽培設施。栽培槽可選用雙行式栽培槽也可選用單行式栽培槽。在靠栽培槽一端鋪設滴灌系統。
2.基質選擇：基質有無機基質和有機基質。無機基質具有穩定的理化性質，孔隙度大而且來源廣，但是一般不單獨使用，通常和有機基質配合使用。有機基質本身含有的營養元素豐富，可供給植物充足的營養。傳統基質是按照草炭：蛭石：珍珠巖=6:3:1的比例混合使用。
3.品種選擇：選擇生長健壯、抗病性強、品質好的番茄品種。
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4.定植：可以選擇工廠化育苗，病害發生率較低。定植前使用土壤消毒劑和殺蟲劑蘸根，定植方式依據栽培槽的選擇進行種植。
5.營養液管理：根據植株的生長階段配制營養液，滿足番茄生長的需要。如在開花結果期增加硝酸鉀的施用以促進果實膨大。
番茄無土栽培技術有待進一步發展推廣，相關技術和人員難題也在一步步解決，逐漸傾向質優價廉、適用范圍廣、操作簡單、應用效果好的研究方向。