無土栽培生產中常用自來水和井水作為水源，有些地方還可以通過收集溫室或大棚屋面的雨水來作為水源。
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1、以自來水作為水源使用，因其價格較高而提高了生產成本。但由于自來水是經過處理的，符合飲用水標準，因此作為無土栽培生產的水源在水質上是較有保障的。
2、以井水作為水源，要考慮到當地的地層結構，開采出來的井水也要經過分析化驗。如果是通過收集雨水作為水源，因降雨過程會將空氣中的塵埃和其他物質帶入水中，所以應將收集的雨水澄清、過濾，必要時可加大沉淀劑或其他消毒劑進行處理。
3、空氣污染嚴重，則不能夠利用雨水作為水源。有些地方在開展無土栽培生產時，也把較為清潔的水庫水或河水作為水源，這時要特別注意不能夠利用流經農田的水作為水源。采用何種水源，視當地的情況而定，在使用前都必須經過水質的分析化驗，以確定其適用性如何。
4、不管采用何種水源，無土栽培要求有足夠的水量供配制營養液用，尤其在夏天不能缺水。例如，番茄在生長旺盛期，據測定每株每天耗水1-1.5L，因此無土栽培的用水量是相當大的。
5、一般而言，如果當地的年降雨量超過1000mm 以上，則通過收集雨水可以完全滿足無土栽培生產的需要。在實際無土栽培生產中，如果單一水源水量不足時，可以把自來水和井水、雨水、河水等混合使用，又可降低生產成本。